分層支援教學課程成效小組在2006至2009學年期間，定期為三所支援學校及一所對照學校的學生進行評估，以檢視學生的學習進度及檢討課程成效。對照學校的學生無論在年齡、智力及社會經濟背景方面，都與支援學校的學生相若，以確保研究結果不受以上因素影響。

評估分為「語文能力」和「語言及認知能力」兩大方面。成效小組以學生在多次評估中的表現計算進步率，並比較支援學校與對照學校學生的進步率。綜觀三個學年的評估結果分析，

• 支援學校學生在多個評估範疇都比對照學校學生表現出持續且明顯的進步，在讀字、默寫、閱讀理解、閱讀流暢度、簡單寫作、字形結構、語素意識及簡單語法知識的測試項目上的差別尤為顯著。以第一層學生為例，支援學校學生在讀字和默寫兩個範疇的進步率均高於對照學校學生，分別約8%和9%。
• 學生在標準語文測驗的表現，亦可反映支援課程的成效。小二及小三學年的研究結果顯示，支援學校在接受支援課程後，第二層和第三層學生的標準語文測驗的達標（即達到全港一般同齡學生的水平）人數都平均增加了24%；相反，對照學校學生的達標人數卻輕微下跌。
• 第三層的學生是有讀寫障礙的，他們在小一及小二的學習表現與進步率，都一直落後於目標水平，但他們經過第三層的個別化教學支援後，學習表現上有理想的進步。

總括而言，以上的研究結果，反映分層支援教學課程能讓學生在「語文能力」和「語言及認知能力」方面都有持續且較顯著的進步。此外，對比第二層和第三層支援學生及對照學生的研究結果亦顯示，分層支援教學課程能有助提升具學習困難的學生在中文學習方面的能力及表現。

在2009/10及2010/11兩個學年，教育局與「喜閱寫意：賽馬會讀寫支援計劃」校本支援計劃的香港大學研究人員，在全港35所小學分階段試行落實以三層模式支援有讀寫困難的學生。自2011年起，教育局將此模式應用於更多的小學。